Τα αυτοάνοσα ρευματικά νοσήματα εμφανίζονται κυρίως σε γυναίκες (όπως η ρευματοειδής αρθρίτιδα, ο λύκος, το σύνδρομο Sjogren, σκληρόδερμα) και κυρίως στην αναπαραγωγική περίοδο, δηλαδή σε ηλικίες από 30-50 (στον λύκο, ακόμη πιο νωρίς). Αυτό από μόνο του καταδεικνύει τη σημασία των οιστρογόνων στην ανάπτυξη των νοσημάτων αυτών.  Είναι λοιπόν εύκολα κατανοητό, ότι η εμμηνόπαυση, με την επικείμενη μείωση παραγωγής των ορμονών αυτών, θεωρητικά σχετίζεται με μειωμένο κίνδυνο ανάπτυξης τέτοιων νοσημάτων.

Σε ασθενείς πάντως που έχουν κάποιο αυτοάνοσο ρευματικό νόσημα, η εμμηνόπαυση έχει κάποια σημασία. Ειδικά σε ασθενείς με λύκο (ΣΕΛ), η χορήγηση θεραπειών όπως η κυκλοφωσφαμίδη (απαραίτητη παρέμβαση για την νεφρική προσβολή) σχετίζεται δυστυχώς με πρώιμη εμμηνόπαυση λόγω ωοθηκικής ανεπάρκειας, κυρίως σε γυναίκες με έναρξη θεραπείας μετά τα 32 έτη.

Σχετικά με την ενεργότητα της νόσου, ειδικά σε ασθενείς με ΣΕΛ, έχει αποδειχθεί ότι μετά την εμμηνόπαυση η πορεία είναι πιο ήπια. Απαιτείται πάντως ιδιαίτερη προσοχή στο θέμα της θεραπείας υποκατάστασης με ορμόνες στους ασθενείς αυτούς, λόγω πιθανής πρόκλησης έξαρσης νόσου. Σε άλλα πάντως νοσήματα, όπως η ρευματοειδής αρθρίτιδα, η εμμηνόπαυση φαίνεται, σύμφωνα με πρόσφατα στοιχεία, να σχετίζεται με επιδείνωση της λειτουργικής κατάστασης.

Αυτό πάντως που θα πρέπει να έχει πάντα υπόψη του ο κλινικός είναι ότι η εμμηνόπαυση σχετίζεται με πιθανή επιδείνωση καταστάσεων όπως η αθηρωμάτωση – καρδιαγγειακός κίνδυνος όπως και η οστεοπόρωση, καταστάσεις που οι ασθενείς με  αυτοάνοσα – φλεγμονώδη ρευματικά νοσήματα βρίσκονται ήδη σε αυξημένο κίνδυνο.